Справившись с Боузером и защитив Бруклин, Марио снова оказывается в центре событий. На этот раз его противники объединились: коварная банда Варио и полный решимости Боузер-младший задумали нечто масштабное. Их цель — подчинить себе весь мир. Но Марио не одинок. Рядом с ним верные друзья и неутомимый компаньон Йоши. Вместе им предстоит найти способ разрушить опасный союз и остановить череду угроз, прежде чем планы злодеев осуществятся.